В обычный осенний день на тихий сельский городок Смолвиль обрушивается метеоритный дождь. Марта и Джонатан Кент находят маленького мальчика рядом с небольшим космическим кораблём. Проходит двенадцать лет. Мальчик стал здоровым деревенским парнем, который успевает и помочь отцу по хозяйству, и в школе учиться почти на отлично. Однако есть у него маленький секрет. Он необычайно силён, быстр и неуязвим. Сбитый машиной, он не обнаружил на себе ни царапины и под водой смог находиться долгое время. По крайней мере достаточно, чтобы спасти жизнь водителю. Им оказался Лекс Лютор. Между ними завязывается дружба. Однако со временем Лекс всё больше начинает интересоваться, каким образом Кларку удалось спасти его. Несмотря на интерес, Лекс старается заботиться о семье Кентов, стараясь выглядеть достойно в глазах отца Кларка. Вскоре от своих друзей Пита Росса и Хлои Салливан Кларк узнает, что с момента метеоритного дождя в Смолвиле стали случаться странные вещи. Время от времени, зелёные куски метеоритов (криптонит), дают людям, оказавшимся рядом с ними, необычные способности, свойства которых зависят исключительно от обстоятельств. Многие поддаются своим низменным страстям и начинают использовать свои способности во зло. Именно с ними и пришлось бороться Кларку. Поначалу, чтобы защитить одноклассников, а затем — просто потому, что так надо. Скоро выясняется, что ЛюторКорп проводила некие секретные исследования метеоритов. Лекс также начинает проявлять интерес к исследованию метеоритов, но выясняет, что это очень опасная область, и засекречивает все исследования. Вместе с тем, желая доказать отцу свои таланты, он начинает работу по становлению новой компании, которая уже не будет подконтрольна его отцу и, более того, превзойдёт его.
В результате бури, обрушившейся на Смолвиль, отец Лекса теряет зрение. Пит находит космический корабль в поле, после чего Кларк открывает ему свою тайну. Позже Кент находит таинственные рисунки в пещерах, которые впоследствии помогут ему понять кто он такой. Он узнает, что его родная планета называлась Криптон, а метеориты — осколки высокотехнологичных городов-кристаллов, которые были спрессованы взрывом и, подвергшись космическому облучению, преобразовались в минерал криптонит. Также Кал-Эл, а именно так его звали на криптонском, узнал свою родословную и изучил язык своего народа. Кроме того Кларк узнаёт, что существуют различные виды криптонита и их свойства зависят от цвета. Всё это он узнаёт благодаря учёному Вёрджилу Свону.
Становится ясно, кто биологический отец Кларка. Джор-Эл говорит ему, что он должен быть завоевателем людей, что он послан на землю быть богом. Кларк неправильно трактует криптонскую речь, думает, что его цель — поработить планету и решает вместо обычного ключа, вставить в корабль криптонитовый, тем самым его разрушив. Когда корабль от криптонитового ключа взрывается, то идёт взрывная волна, от которой машина, в которой едут родители Кларка, переворачивается и Марта теряет ребёнка. Когда Кларк узнаёт об этом, он идёт в больницу, а там отец его отчитывает за то, что он никому не сказал, что собирается делать с кораблём. Кларк не может вынести того, что косвенно виноват в гибели родного ребёнка своих приёмных родителей, надевает кольцо с красным криптонитом и уезжает в Метрополис.
Под действием красного криптонита Кларк грабит банки в Метрополисе. Джонатан совершает сделку с Джор-Элом и получает силу, подобную силе Кларка, чтобы вернуть его домой, пообещав отправить его потом Джор-Элу. Лекс возвращается с острова. Лайнел травит Лекса лекарствами, пытаясь убедить всех, что у Лекса нервный срыв, чтобы никто не поверил в то, что Лекс узнал, что Лайнел убил своих родителей. Также Лайнел обнаруживает у себя неизвестное заболевание печени и пытается раскрыть секрет пещер Ковачи, надеясь, что это исцелит его. Лана встречает парня по имени Адам, но вскоре узнаёт, что он — генетический клон, созданный Лайнелом, чтобы следить за Кларком. Лана собирается уехать в Париж, чтобы изменить свою жизнь, хотя всё ещё любит Кларка. Пит уезжает, объясняя это тем, что ему слишком сложно и опасно хранить тайну Кларка. Лайнела Лутора заключают в тюрьму за убийство своих родителей, Кларк узнаёт, что Лекс всё ещё хранит на него архив и перестаёт быть ему другом. Из-за мести Лайнел травит Лекса и взрывает дом Хлои в самой последней серии сезона.
Из стен пещеры выходит девушка с Криптона, обладающая умениями большими, чем Кларк, и зовёт его к Джор-Элу, говоря, что самые близкие его предадут. Кларк соглашается, когда узнаёт, что приёмные родители предали его Джор-Элу, а Лана перед поездкой в Парижскую академию искусств обнимает Лекса. Кларк в глубокой депрессии направляется в пещеру к Джор-Элу, где узнает, что должен быть послан в иное измерение, проходить обучение у отца. Джонатан Кент, пытаясь спасти Кларка, впадает в кому: Кларк попадает во власть Джор-Эла.
В город приезжает Лоис Лейн — кузина Хлои. Девушка полна решимости найти убийц сестры. По дороге в Смолвиль она встречает Кларка Кента, считающего себя Кал-Элом. Его послал к ней Джор-Эл, ответив на стенания сына об одиночестве. Девушка отвозит его в больницу, где в тяжёлом состоянии вот уже несколько месяцев находится Джонатан Кент. Марте с помощью Бриджит Кросби удаётся вернуть сына. Кларк рассказывает Лоис, что Хлоя жива. Во время обучения в Париже Лана встречает молодого человека по имени Джейсен Тиг, между ними завязывается роман. Вскоре после этого она обнаруживает у себя на спине странную татуировку. Лану начинают посещать видения из жизни её предка — ведьмы Изабель. Джейсен приезжает в Смолвиль вслед за Ланой. Кларк даёт Лексу ещё один шанс, и они возобновляют дружбу.
Лайнела Лутора выпускают из тюрьмы, после обмена телами с Кларком, он чудесным образом вылечивается от смертельной болезни печени и становится другим человеком. Лекс одержим идеей найти некие таинственные камни, дарующие источник вселенской власти и безграничных знаний. Лана, Джейсон и его мать тоже участвуют в поисках.
Кларк вступает в футбольную команду школы и становится одним из лучших игроков. Джейсон устраивается в школу помощником тренера, но его выгоняют за отношения с Ланой. Алисию Бейкер выписывают из Бельреф. Под воздействием красного криптонита Кларк решает жениться на ней. Обидевшись на то, что Кларк боится быть самим собой, она рассказывает его секрет Хлое. Хлоя решает ничего не говорить ни Кларку, ни кому-либо другому. В этой же серии Алисия погибает от рук маньяка, после этого у Кларка начинается депрессия, после чего он убеждается, что ему нельзя раскрывать свой секрет.
Кларк, Хлоя и Лана заканчивают школу. Кларк, Лана и её парень начинают поиски 3-х загадочных камней, Лана превращается на время в ведьму и находит один из камней. На Смолвиль обрушивается второй метеоритный дождь. Во время него Лекс дотрагивается до одного из камней, после чего его плохая сущность берёт верх, а Лайнел получает все знания Криптона. Тем временем к Кларку приходит Лана отдаёт ему камень, и говорит, что всё ещё его любит. Тем самым Кларку удаётся собрать все три камня. Они сливаются в один и переносят Кларка из пещеры на Северный полюс, Хлоя переносится с ним, но Кларк её не замечает. Вместе с метеоритным дождём прибывает космический корабль.
На Землю прилетает космический корабль Брейниака, вторым потоком метеоритного дождя разрушая половину Смолвиля. Двое криптонцев (Намэк и Эфира) — слуги некоего генерала Зода — прибыли сюда, чтобы отомстить сыну Джор-Эла… Тем временем на Северном полюсе кристалл создаёт ледяной замок — Крепость Одиночества. Кларк вступает в поединок со слугами Зода, которые пытаются отправить его в Фантомную Зону — потустороннюю тюрьму. В последний момент Кларку удаётся одолеть криптонцев и отправить в Фантомную Зону их самих. Джор-Эл лишает сына сил за то, что тот не вернулся в Крепость Одиночества, чтобы начать обучение, предпочтя своему предназначению жизнь простого смертного. Лекс, навещая отца, невольно организует побег трёх метеоритных фриков, которые берут в заложники родителей Кларка и Лану. Кларку удаётся одолеть их без своих сил. Решив, что побег был подстроен Лексом, он приходит к нему в дом, и между ними завязывается драка. Лекс убеждается в том, что Кларк — обычный человек. Дружба между ними заканчивается. И, наконец-то за все 5 сезонов, Кларк провёл незабываемую ночь с любимой девушкой, Ланой Лэнг, но вскоре Кларк погибает от рук психопата, который собирается уничтожить Смолвиль ядерным ударом. Джор-Эл воскрешает сына и возвращает ему силу, но предупреждает, что по закону Равновесия взамен один из дорогих Кларку людей умрет. Кларк учится в университете, где его преподавателем и противником в сезоне является вестник Зода Милтон Файн, он же Брейнниак, искусственный интеллект с Криптона, взорвавший планету для достижения своих целей. Выдавая себя за криптонца, Файн входит в доверие к Кларку и едва не выпускает Зода из Фантомной Зоны, но благодаря Хлое Кал-Эл одерживает победу над Файном. Лекс Лутор и Джонатан Кент баллотируются в сенаторы. Кларк открывает свою тайну Лане, показывая ей Крепость Одиночества, и свои способности. Там же он делает ей предложение. И вечером она даёт своё согласие и говорит о своей любви. Лекс проигрывает в выборах и звонит Лане, она приезжает, разговор заканчивается ссорой и она уезжает. Лана едет по шоссе и не справляется с управлением из-за звонка и преследования Лекса, погибает, врезавшись в автобус. Кларк приходит в Крепость Одиночества и просит вернуть Лану, он возвращается в прошлое, чтобы не допустить её смерти, но вместо Ланы от сердечного приступа умирает Джонатан Кент. Некоторое время Лана и Кларк встречаются, он ей не рассказывает о себе и между ними по-прежнему есть тайна. Позже Лана начинает встречаться с Лексом. Лайнел Лутор узнаёт секрет Кларка, начинает его оберегать и становится оракулом Джор-Эла. Восстановившийся Милтон Файн наделяет Лекса силой криптонца, чтобы использовать его тело в качестве телесной оболочки для души Зода. Джор-Эл велит Кларку убить Лекса, но вместо этого он пробивает Файна, не подозревая, что тем самым освободит Зода и позволит ему вселиться в Лекса. Генерал Зод отправляет Кларка в Фантомную Зону.
Кларк сумел сбежать из Фантомной Зоны, куда его загнал Генерал Зод. Они сразились, Кларк победил, но из зоны сбежали несколько фантомов и Кларк должен найти и уничтожить их всех. Лекс проводит опыты над метеоритными фриками и начинает собирать из них армию. В Метрополис прибывает молодой талантливый инженер Оливер Куин, школьный недруг Лекса, супергерой Зелёная Стрела (первоначально комиксовый клон Бэтмена), который начинает встречаться с Лоис Лейн. Он же основал Лигу Справедливости. Лоис замечает, что что-то странное творится в городе и, становясь репортёром, пытается разгадать тайну Зелёной Стрелы и самого городка. Хлоя обнаружила, что она метеоритный фрик. Лана узнаёт, что беременна от Лекса. Тем временем Лекс делает ей предложение, но Лана колеблется — она всё ещё любит Кларка. Кларку кажется, что он сошёл с ума. Позже Лана узнаёт секрет Кларка и о том, что он её любит и пытается защитить, и даёт ему обещание не выходить замуж за Лекса Лутора. Но Лайнел Лутор угрожает Лане Лэнг, беспокоясь, что потеряв любимую Лекс окончательно сойдет с ума. Если она не выйдет за его сына — Кларк будет убит. Лане приходится присоединиться к семье Луторов. Вскоре Лана узнаёт, что потеряла ребёнка. Но потом, оказывается, что её беременность подстроил не кто иной, как Лекс. Лана решает отомстить — она шпионит за мужем. А Кларк тем временем пытается забыть Лану, со своими друзьями он организовывает Лигу Справедливости. Далее Лекс попадает в лабиринт с бомбой, тяжело раненый Лайнел умоляет Кларка помочь Лексу. Кларк отправляется спасать «друга», туда, где повсюду находится зелёный криптонит. Лана пытается узнать у Лайнела, зачем он заставил её выйти за Лекса, на что тот отвечает, что защищает Кларка от Лекса. Лана в недоумении. Кларк не может использовать всю свою силу, но они с Лексом выбираются в последнюю секунду, после чего раздаётся взрыв. Лана видит Кларка и бросается к нему, но потом идёт к мужу. Ясно, что Лана всё ещё любит Кларка. В конце сезона умирает Лана — её машина взрывается, но на самом деле это был её клон, который создал Лекс Лутор. Лоис Лейн ранят ножом в секретной лаборатории — она умирает, но её спасает кузина Хлоя, после этого Хлоя сама находится на грани жизни и смерти. Лана узнаёт тайну Кларка и всё же любит его. Кларка ждёт его новый враг — он сам, а точнее его антипод Бизарро (фантом, получивший генетический материал Кал-Элa, который смог воссоздать его физическую оболочку со всеми способностями). Начинается схватка между Фантомом и Кал-Элом, в которой Лайнел Лутер поражает Фантома зелёным осколком метеорита, но тот становится ещё сильнее. В безвыходной ситуации Кларк обращается к Луторам за помощью, но сам находит ответ и не знает, что делать дальше.
Кларк побеждает Бизарро с помощью Солнца и нового «друга» с Марса, который является «Наёмным телохранителем» Кал-Эл’a, после чего находит корабль девушки с Криптона. Оказывается, что она его кузина — Кара. Кара поселяется у Кларка и представляется под именем Кара Кент. Хлоя умирает, спасая свою сестру, но потом вдруг оживает в морге. Лекса арестовывают за убийство жены. Кларк уже почти смирился со смертью любимой Ланы, но оказывается, что она жива. Она подстроила свою смерть, а всё это время пряталась в Шанхае. Лекс даёт Лане развод, оставляя половину своего состояния. Лана возвращается в Смолвиль и приходит к Кларку. Кларк активизирует кристалл Кары и из него появляются Зор-Эл (брат Джор-Эл’a) и Лара. Зор-Эл пытается уничтожить людей, затмив солнце. Кара теряет память и оказывается в другом городе. Возвращается Биззаро. Бизарро живёт жизнью Кларка с Ланой и выслеживает Брейниака, в то время, как Кларк заморожен в Крепости. Лана наслаждается «новым Кларком» и делится информацией, которую она собрала о серийном убийце, который высасывает из жертв все микроэлементы. Они вдвоём приходят к выводу, что это должен быть Брейниак и Бизарро отправляется на его поиски. Тем временем в Daily Planet появляется новый главный редактор. Как позже оказывается — это младший брат Лекса, которого он клонировал. Позже, когда он узнает, что он всего лишь клон, он начинает общаться с Лайнелом. Лутор старший решает признать клона своим родным сыном, наравне с Александром, однако не скрывает, что симпатизирует клону. Лекс убивает клона. Лекс находит Кару. Лайнел использует криптонит против Кларка, и теряет его уважение. Джор-Эл восстанавливает память и силы Каре. Лекс узнает, что Лайнел уже давно искал странника (Кларка) и состоял в обществе его защиты под названием «Веритас». У этого общества есть тайная ячейка в банке, в которой лежит артефакт, дающий мощь над странником (Кал -Элом). Чтобы открыть эту ячейку требуется два ключа. Один из ключей был у Лайнела. Лекс убивает отца за этот ключ. Оказывается, что ключ Лайнел успел передать Хлое, которая сама того не подозревала. Лекс забирает у неё ключ. Кларк, узнав это, приходит в особняк Лекса, но не находит там ключ. Между ними состоялся разговор. Лекс обвиняет Кларка в том, что тот отнял у него любовь отца, девушку, друзей, лишил даже надежды на нормальную семью и клянётся приложить все усилия, чтобы разрушить счастливую жизнь Кента. На похороны Лекс никого не пустил, но Кларк всё равно приходит. Неожиданно объявляется Брейниак (Милтон Фэйн), который парализует Лану. Кларк уничтожает Брейниака, но Лана, очнувшись от комы, покидает Кента, оставив ему видеозапись о причине своего поступка. Сезон оканчивается тем, что Кларк остаётся со своей болью, а Лекс в то же время находит тот самый древний инопланетный артефакт, дающий возможность управлять странником(Кларком). Брейниак, в обличии Кары, рассказывает Лексу, что артефакт нужно использовать в крепости. Отправившись в Арктику, Лекс обнаруживает крепость. Кларк прибегает туда слишком поздно. Лекс активирует его и артефакт лишает Кал Эла сил, крепость рушится, Лекс и Кларк остаются под завалами…
Лекс исчез, его разыскивает новая управляющая LuthorCorp — Тесс Мёрсер, Кларк потерял силу и еле добрался пешком до России, где попал в плен к браконьерам в Верхоянске, откуда потом его благополучно вытащил Оливер. Крепость разрушена. Впоследствии Кларку снова вернули силу. Хлоя обрела супервычислительные способности, появившиеся после смерти Брейниака, Кларк нанимается репортером в Daily Planet и работает вместе с Лоис. Тесс Мёрсер — глава Daily Planet, босс Кларка и Лоис, обнаруживает странный артефакт в форме синего кристалла, который имеет связь с исчезновением Лекса. Кристалл является маяком и порталом для инопланетной живности. Вскоре после его потери, он загадочным образом приходит Кларку по почте. Дотронувшись до кристалла, Кларк и Лоис телепортируются в фантомную зону — где встречают Кару. Она помогает открыть портал и отсылает Лоис на землю, случайно пропустив одного фантома, который сумел прижать Кару каменной глыбой к земле. Хлоя, с помощью Оливера и своих суперспособностей от Брейниака, крадёт нужное оборудование у Тесс, возвращает Кларка и Кару домой. Тесс встречает Лоис, в которой засел фантом Фейеры. Фантом пытается найти своего сына, отправленного на Землю для её уничтожения. Вскоре выясняется, что новый суперзлодей, Думсдей, искусственно созданный сын Генерала Зода и его жены Фейеры — водитель машины скорой помощи Дэвис Блум. ДНК криптонцев было вживлено в тело доисторического монстра, который единственный выжил в недрах Криптона. В результате тот окуклился и начал адаптироваться к генетическим изменениям. Поняв, что Джор-Эл не собирается противиться воле Совета и устраивать массовую эвакуацию, Зод решается на бунт. Вместе со звездолетом маленького Кларка (Кал-эла) Брейниак отправляет на Землю кокон Думсдея. Из-за того, что ДНК криптонца не является «родной» для монстра, время от времени он пытается принять своё истинное обличие. Тогда Думсдей становится диким зверем, опасным вдвойне. Кларк с помощью кристалла восстанавливает крепость. В ней он просит помощи у Джор-Эла, чтобы тот помог исцелить Хлою от Брейниака, а также облегчить её жизнь, стерев из памяти всё, что связано с Криптоном и сверхъестественными способностями Кларка. Думсдей похищает Хлою прямо с её свадьбы и уносит в Крепость Кал-Эла, которая была восстановлена, но после оказалась захвачена микросхемами Брейниака. Кларк отправляется на их поиски. В восьмом сезоне вырисовывается классическая романтическая линия Кларк-Лоис. Однако в двенадцатой серии мы видим, что Кларк и Лана все ещё любят друг друга. В конце серии они целуются. Кроме того упоминается, что у Ланы есть какой-то секрет относительно Кларка, и что её роль в истории ещё не окончена. В конце десятой серии сезона мы видим Лекса (со спины), который, судя по всему, проходит курс физиотерапии и реабилитации после тяжёлых травм. Он просматривает запись трагедии, разыгравшейся на свадьбе Хлои. В 13 серии Лана украла суперкостюм, который предназначался для исцеления Лекса. Костюм даёт Лане сверхспособности подобные силам Кларка, но без рентгеновского и теплового зрения. Позже выясняется, что это была ловушка — основное назначение костюма — впитывать радиационное заражение криптонита. Кроме того, это часть проекта по созданию метасолдата — Метаморфа. В 14 серии Лане и Кларку удаётся выследить Лутора, они находят криптонитовую бомбу на крыше Daily Planet. Лекс обратился к техноманьяку Игрушечнику, который и начал убирать неугодных Лутору людей. Лекс, находящийся поблизости в микроавтобусе и прикованный к креслу с аппаратом жизнеобеспечения говорит, что истории любви Кларка и Ланы пришёл конец, так как обезвредить бомбу и спасти миллионы людей они смогут только впитав криптонит с помощью суперкостюма. Лана впитывает криптонит и теперь Кларк не может к ней близко подойти. Машина Лутора взрывается из-за подложенной Оливером Куином бомбы. Лана уезжает, но перед этим говорит, что любит Кларка, но ничего нельзя изменить. В 15 серии Кларк решил рассказать всему миру о том, что он — красно-синее пятно, и что он с другой планеты. На некоторое время Кларк становится популярным героем, но потом один из репортёров заявляет, что он убил Лекса Лутера и теперь люди боятся его. Кларк использует кольцо Легиона, чтобы вернуться в прошлое, и все вернуть на свои места.. Джимми бросает Хлою. Дэвис (Думсдей) находит способ контролировать монстра внутри себя. Это Хлоя. Он раскрывается перед ней. Тем временем Кларк узнаёт секрет Дэвиса. Дэвис пытается покончить с собой, но всё безрезультатно. Каждая смерть только усиливает Думсдея. Даже жидкий криптонит бессилен. Дэвис предлагает Хлое остаться вместе. Кларк хочет отправить его в фантомную зону, но Хлоя мешает ему в этом. Они решают уехать из Смолвиля навсегда. Однако Думсдей чувствует, что чувства девушки не искренни и потихоньку начинает брать вверх. Тесс, слушая голос из сферы, разрушает чёрный кристалл, считая что Кларк должен убить Дэвиса. Желая спасти Дэвиса Кларк хочет использовать чёрный криптонит для разъединения его на человека и Думсдея. Он планирует использовать взрыв для того, чтобы похоронить Думсдея под землёй, но Оливер не хочет спасать Дэвиса. Он вместе с другими героями находит его и Хлою. Хлоя, используя криптонит, разделяет сущность Дэвиса. Думсдей отправляется на поиски «второго криптонца». Кларк входит в поединок с Думсдеем. Не сумев с ним справится, он, используя скорость, сбрасывает его в шахту, где происходит взрыв. У Тесс и Лоис завязывается драка, в которой Лоис находит кольцо легиона. Надев его, она исчезает. Джимми узнаёт секрет Кларка и воссоединяется с Хлоей. Она говорит ему, что делала всё это для защиты Кларка. Это слышит Дэвис и в гневе убивает Джимми. Хлоя пытается его успокоить, но Дэвис объясняет, что она зря старалась — теперь ему нечего терять. Он пытается убить и её, но Джимми, полуживой, бросает его на металлический штык. После похорон Джимми Кларк приходит к Хлое. Он говорит, что всё это его вина, и что он собирается отказаться от своих человеческих чувств, ибо только так он станет истинным героем. Кларк уходит, сказав на прощание Хлое: «Кларк Кент умер». В конце серии Тесс видит как из сферы создаётся дыра во времени и на землю ступает Зод, чей голос и исходил из шара.
После битвы с Думсдеем прошло около месяца. Кал-Эл начинает обучение в Крепости Одиночества. Ему удаётся восстановить систему, и он начинает тренировки. Решив изменить свою жизнь, Кларк создаёт себе «костюм» — чёрную футболку, на груди которой мелом нарисован знак дома Элов, который используется как символ. Теперь везде, где бы Красно-Синее Пятно не геройствовал, остаётся знак «S». В криминальных кругах Метрополиса обеспокоены новоявленным супергероем, хоть им и стало легче, после того как Зелёная Стрела и его банда отошли от дел. Внезапно появляется Лоис, не помнящая события последних недель. А в замке Луторов молодой Зод, майор войск Криптона, сталкивается с проблемами в своём отряде. Хлоя решает воссоздать команду Зелёной Стрелы, после того как Кларк отказывается изменить прошлое — спасти Джимми Олсена и убить Думсдея. В редакции Daily Planet появляется новый сотрудник, чьё мнение о Красно-Синем пятне крайне негативное. Вскоре выясняется, что Красно-Синего пятна больше нет — только Пятно, в котором с трудом узнаётся знак S. Оливер Куинн сжигает костюм Зелёной Стрелы и отходит от геройства. Он пытается вернуть Лоис, но безрезультатно. Куинн встречает девушку Мию, которая является членом отряда генерала Зода. Майор Зод пытается выяснить, что пошло не так во время высадки на Землю. Среди криптонцев оказывается Джор-Эл, который уже «бывал» на Земле полвека назад. Поднимая архивы, криптонцы узнают символ дома Элов. Решив, что Джор-Эл предал экспедиционный корпус, Зод решает покарать предателя. С целью обнаружения Пятна один из солдат Зода выпускает вирус, справиться с которым можно только с помощью крови криптонца. Пытаясь вернуть себе силы, кандорианцы взламывают системы LuthorCorp, крадут прототипы и используют свою передовую науку, чтобы объединить их в Металло — киборга, созданного в попытке воссоздать Брейниака. Веря, что Пятно — это Джор-Эл, Зод решает во что бы то ни стало заполучить такие же силы. Джор-Эл приходит на ферму Кентов, где встречает Хлою. Выясняется, что кандорианцы, вышедшие из сферы — часть генетических экспериментов Криптона. Материалы для клонирования были взяты за двадцать лет до уничтожения Криптона — когда была уничтожена столица Кандор. Становится известной ещё одна деталь — Джор-Эл и Зод были лучшими друзьями. Их дружба дала трещину, когда Джор-Эл отказался воскресить сына Зода в рамках экспериментов с клонированием. И тогда генерал решил использовать для этих целей Думсдэя. Джор-Эл потрясён рассказом Хлои об «уничтожении» Криптона Зодом и тем, что у него есть сын. Тесс похищает Джор-Эла и убеждает его выдать себя за Пятно, чтобы защитить Кларка. Тем не менее, Зоду удаётся раскусить обман. Джор-Эл умирает на руках у Кларка. Теперь Зод знает, кто такой Пятно и собирается использовать его, чтобы получить силу жёлтого солнца. Лоис впадает в кому. Тесс похищает её, чтобы узнать будущее, но ей мешает Кларк, который случайно соединяет своё сознание с сознанием Лоис. Он видит будущее, в котором он выступил против Зода и проиграл. Зод сделал солнце красным, вместе со своими солдатами получив суперсилы и лишив их Кларка. Зод был побеждён, но погибли Хлоя и Оливер, Кларк был смертельно ранен. Лоис надевает кольцо Легиона, чтобы изменить прошлое. Кларк решает исполнить последнюю просьбу отца и спасти Зода от его тёмной стороны. Он приходит в его убежище, и Зод приказывает всем кандорианцам опуститься на колени перед Кал-Элом. Кларк становится предводителем криптонцев на Земле. На Лоис и Хлою совершают нападения. Все улики указывают на Оливера. Кларк узнаёт, что Зелёная Стрела вернулся не по собственной воле, что Хлоя вновь начинает манипулировать людьми для достижения своих целей. Выясняется, что покушения совершал Тёмный Лучник — наставник Оливера Куина в Клубе Кельтских Убийц — бывшей подъячейке Лиги Теней. Следуя правилу клуба «Ни любовницы, ни соратника, ни ученика», Вордиган пытается вернуть Зелёную Стрелу, в результате чего тот его ранит. Зод узнает о Лоис, он начинает понимать её значение и весь замысел Джор Эла. Кларк предупреждает генерала, что если тот тронет Лэйн хоть пальцем — криптонцы заплатят дорогую цену. На Хлою выходит таинственный человек в звёздно-полосатом костюме. Он называет её Сторожевой Башней, намекает на Зелёную Стрелу и Пятно, но договорить не успевает. Почувствовав приближение угрозы, он швыряет её в мусорный бак. Выбравшись из него, Хлоя обнаруживает труп незнакомца. Начав вместе с Кларком расследование, они выходят на тайное общество Золотого Века супергероев — Общество Справедливости Америки. Убивают ещё одного героя — Песочного человека. Кларк наведывается в штаб-квартиру Общества — музей, и обнаруживает Человека-Ястреба и Доктора Фэйта, который в полузабытье вещает о судьбах бывших членов: Капитана Атома распылили, Часовщик сломался, Зелёный Фонарь Алан Скотт — на ОА у хранителей Вселенной (его увидим в фильме «Зеленый Фонарь»). Хлоя пытается собрать всех известных супергероев, но откликается только Марсианский Охотник. В морге Хлоя и Кларк встречают Доктора Фэйта, который предсказывает Хлое такую же тяжкую ношу, как у него. Кларку же Судьба говорит, что когда он явит миру своё альтер-эго (Супермена, наступит эра Серебряного века (в это же время появляются в Готэме Бэтмен, Хэл Джордан становится Зелёным Фонарем, а Диана покидает Темескиру). Фэйт называет Кларка другом и показывает видение его смерти — развевающийся в небе красный плащ с символом Супермена. Кал Эла телепортируют в штаб Общества. Ученица Стармэна, Старгёрл, уговаривает Человека-Ястреба довериться Кларку и его Лиге. Однако Зелёная Стрела провоцирует конфликт. Лишь вмешательство Марсианского Охотника спасает положение. Джон Джонс предлагает действовать сообща, Хлоя и Старгёрл находят данные об убийце. Им оказывается сын злодея Сосульки — Сосулька младший, который работает на таинственную правительственную организацию по отлову пришельцев «Шах и мат». Тесс Мёрсер, кстати, спящий агент этой же организации. Лоис подбрасывают материал об Обществе Справедливости, в котором содержится правительственное досье на всех её членов. Команда разделяется: Человек-Ястреб с Зелёной Стрелой (отношения у них как у кошки с собакой, позже точно такие же будут у ученика Ястреба — Тёмного рыцаря с Зелёной Стрелой), Кларк со Старгёрл (она от него без ума — по характеру он очень похож на её наставника Звёздного мальчика). Марсианский Охотник вместе с Доктором Фэйтом попадают в засаду. Доктор ценой своей жизни спасает Джона, зашвыривая его на Марс в прошлое, тем самым возвращая его псионические способности. Марсианин впадает в псионическую кому. Сосулька забирает шлем Фэйта и с его помощью видит свою победу над героями. Он почти побеждает, но его останавливает Марсианский Охотник — полный сил и с новыми способностями. Лоис печатает статью об обществе Справедливости, о супергероях узнаёт весь мир. Хлоя обнаруживает, что почти все дети врагов Общества попадали в тюрьму за преступления, но были освобождены кем-то неизвестным. Глава «Шах и мат» говорит Сосульке, что тот свою работу сделал и теперь он — часть Отряда Смертников. Кларк обеспокоен словами Доктора Фэйта, что на данный момент его враг — Лекс Лютор. Его начинают терзать подозрения. Глава «Шах и мат» надеется, что супергерои помогут противостоять инопланетянам (в частности криптонцам). Кларк узнаёт кто убил его отца, Зод требует, чтобы он поступил по криптонским законам. Кларк отказывается. Зод мстит за своего друга, а позже говорит, что Кал-Эл отрекается от обычаев Криптона. Кларк уничтожает ретрансляционные башни, разрушив мечты кандорцев на обретение сверхсил. Зод ценой своей жизни спасает Лоис. Кларк находит его раненым, лежащем на полу. Он использует свою кровь, чтобы исцелить рану Зода. Благодаря крови Кал-Эла, Зод приобретает криптонские способности. А образец крови Кларка попадает к Главе «Шах и мат». Но в конце концов Марсианин уничтожает образец крови. Кларк начинает доверять Зоду. Хлоя и Оливер готовятся к войне с криптонцами. Потратив миллионы, они собирают арсенал оружия из криптонита. Между Хлоей и Оливером разгорается роман. Тесс следит за ними. В это время в тюрьме Игрушечник завершает апгрейд Металло, по заказу Мёрсер. Зод выдаёт себя за Пятно и начинает собирать информацию о криптонитовом оружии. Кларк подвергается воздействию красного криптонита. Узнав о криптонитовом оружии, он уничтожает его, решив, что Хлоя предала его, и узнает о возвращении способностей Зода. Кларк приглашает его в Крепость Одиночества. Тесс и Хлоя временно объединяются и отправляют в Крепость восстановленного Металло, который, одолев обоих криптонцев, освобождает Кларка от действия красного криптонита. Зод сбегает, после чего собирает верных ему кандорианцев в Крепости и возвращает им суперсилы. Чувствуя угрозу со стороны «Шах и мат», криптонцы начинают готовиться к войне. Отвергнув предложение о сотрудничестве, Куин пытается убить Зода. Спасаясь от агентов «Шах и мат», Тесс прячется у Хлои. Не желая отдавать архивы Башни в руки правительства, они уничтожают базы данных. Кларк спасает от «Шах и мат» кандорианцев, которые ещё не обрели способности. Беременная Фаора рассказывает Кларку о книге Рао, которая была послана вместе с кандорианцами на Землю. Зод считает отказ Фаоры присоединиться к нему предательством и убивает её. Он обманывает криптонцев, обвиняя в её смерти полностью уничтоженный «Шах — мат». Фаору он приносит в жертву будущей победе. Кларк пытается переубедить солдат Зода, предотвратить войну, но они остаются верны своему командиру. Зод отправляет свою армию на поиски книги Рао, вынуждая Хлою вызвать подкрепление в виде старых друзей. Марта Кент находит книгу Рао, которая способна отправить всех криптонцев на Земле в другой мир, и отдаёт сыну. Зод говорит Лоис Лэйн, что он и есть Пятно и просит, чтобы она украла Книгу Рао у Кларка. Разрываясь между Кларком и Пятном, Лоис просит, чтобы Кларк был с ней искренен, но он отказывается. Хлоя и Оливер пытаются восстановить работу спутниковой системы Сторожевой Башни, чтобы сражаться с кандорианцами, но, внезапно, Зелёную Стрелу похищают. Тесс пытается остановить Зода, но в итоге сама остаётся умирать. Кларк и Зод борются за обладание книгой Рао. Тем временем, Лоис становиться известно, что Кларк и Пятно знакомы уже давно, она находит записи доктора Свона, в которых записана история Криптона и имя пятна — Кал-Эл. Лоис раскрывает обман Зода, отдаёт книгу Рао Пятну и понимает, что это Кларк. Кал-Эл оказывается окружён всеми кандорианцами во главе с Зодом, который в гневе, забыв о суперслухе своих солдат, признаётся в убийстве Фаоры. Криптонцы восстают против него, и Кларк использует книгу Рао, чтобы открыть портал в их новый дом. Зод достаёт кинжал из синего криптонита и нападает на Кал-Эла. Кларк приносит себя в жертву, позволив нанести себе смертельный удар, и падает с небоскреба с кинжалом в груди, благодаря чему портал втягивает в себя Зода, лишившегося действия синего криптонита.
Лоис спасает Кларка, вытащив из его груди осколок синего криптонита. Во время своей клинической смерти Кларк на кукурузном поле разговаривает с духом Джор-Эла, который предупреждает его о новой более опасной угрозе. На кукурузном поле Кларк также видит своего давнего друга Лекса Лютора и понимает, что тот лишь подстроил свою смерть. После Кларк приходит в себя после падения с небоскреба и Лоис окончательно убеждается в том, что её любимый и есть Пятно, однако она скрывается перед тем, как Кларк успевает её заметить. Тем временем Хлоя обеспокоена исчезновением Оливера и решает надеть на себя шлем Набу, который показывает ей будущее. Тесс приходит в себя в таинственной и безлюдной лаборатории Кадмус, которая принадлежит LuthorCorp. Там она узнает правду о том, что Лекс создал множество своих клонов, одним из которых является ребёнок. По ошибке Тесс выпускает на волю ещё одного клона Лекса, который быстро стареет. Этот клон преисполнен ненависти и убивает всех других клонов кроме Тесс и Александра, клона-ребёнка. Клон Лекса похищает Лоис и вынуждает Кларка сделать выбор между спасением людей и единственной женщины, которую он любит. Однако Кларку удаётся спасти и Лоис, и простых людей, предотвратив катастрофу в Daily Planet. Во время этого хаоса Кларк впервые обнаруживает, что всё-таки может летать. Люди на улице также наконец увидели Пятно как супергероя и Кларк решает надеть на себя красно-синий костюм, подаренный матерью, однако Джор-Эл мешает ему сделать это и отрекается от Кларка, как от своего сына. Кларк в недоумении и растерянности. На ферме он встречается со своим отцом Джонатаном Кентом, который убеждает его в том, что Кларк стал именно тем человеком, которым он всегда хотел его видеть. Он подтверждает опасения Джор-Эла относительно новой угрозы, а после исчезает. Лоис решает уехать в Африку, чтобы работать с Перри Уайтом. Хлоя спасает Оливера, обменявшись с ним местами. Тем временем в Метрополисе материализуется из тьмы та самая угроза, о которой говорили Джор-Эл и Джонатан Кент. Дарксайд приходит на Землю. В 2018 году Хлоя читает своему маленькому сыну (отец которого Оливер) комикс о становлении Кларка Суперменом. Лоис и Кларк всё также работают вместе в Daily Planet, которым теперь управляет Перри Уайт, однако теперь в их команде работает также Джимми Олсен младший, который по словам Лоис достоин фамилии его старшего брата. Лекс Лутер избран президентом США. Сериал завершается моментом, когда Кларк срывает с себя рубашку, обнажая костюм Супермена и направляется спасать Метрополис и его обитателей. Так завершается эпоха приключений молодого парня из Смолвиля, которому судьбой было предначертано стать величайшим героем.
____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________